出入境證件辦理嚴格按照國務院價格行政部門和財政部門的規定執行收費標準，同時根據《重慶市行政事業性收費管理條例》的規定嚴格執行“收繳分離”，即收費單位不得直接收取現金。2017年4月8日，出入境推出微信支付繳費，變得更加便捷。目前將主要三種繳費方式的流程介紹如下：
一、POS刷卡繳費。申請人在受理單位提交申請材料成功后，受理窗口出具《因私出境證件受理回執》，申請人憑此受理回執到繳費窗口開具《非稅收入一般繳款書》，上面注明繳款人、繳費銀行和繳費項目、金額。申請人根據繳款書上金額出具帶有銀聯標志的銀行卡進行POS刷卡繳費，在POS機打印的小票上簽署持卡人姓名，繳費窗口將蓋有收費章的《非稅收入一般繳款書》第四聯交還申請人作為出入境證件辦理繳費憑證，POS刷卡繳費流程完成。
二、自助繳費。申請人在受理單位提交申請材料后，受理窗口出具《因私出境證件受理回執》。申請人在自助繳費機上掃描受理回執條碼或刷申請人身份證后，系統自動提取其待繳費信息，確認收費金額，按系統提示插入帶有銀聯標志的銀行卡，輸入密碼，完成銀聯扣款后，系統打印POS繳費小票，取走銀行卡，自助繳費完成。
三、微信支付繳費。申請人在受理單位提交申請材料后，受理窗口出具《因私出境證件受理回執》。申請人通過手機微信“掃一掃”功能，掃碼讀取“申請受理回執單”上的二維碼繳費信息，微信支付系統讀取后，獲取財政電子票據號，確認繳費金額并支付，支付成功后系統將向申請人發送“微信支付憑證”，微信支付繳費完成。
特別提醒：
1.選擇自助繳費和微信支付繳費的申請人，如需要收費票據，請在繳費成功十分鐘后到前臺受理窗口申請補打《非稅收入電子繳款專用收據》。
2.自助繳費機上繳費需持“居民二代身份證”或掃描受理回執條碼。